Quine łączy dane biologiczne, by skrócić kolejkę eksperymentów

Microsoft Research przedstawił Quine jako wczesną próbę zbudowania multimodalnego world model biologii. System łączy model z narzędziami naukowymi, literaturą, wet labem i badaczami, pomagając wybierać hipotezy oraz eksperymenty.

Quine łączy pięć perspektyw biologicznych w jednym systemie

Model obejmuje genomikę, białka, chemię, RNA i stan komórki oraz bioimaging. Celem jest wspólna reprezentacja sekwencji, struktury, funkcji i stanu zamiast kilku odizolowanych predyktorów.

W projekcie z Broad Institute of MIT and Harvard Quine uszeregował tysiące związków według przewidywanej zdolności przesuwania komórek nowotworowych między stanami istotnymi terapeutycznie. Microsoft podaje, że najwyżej ocenione związki wywołały w testach laboratoryjnych największe zamierzone przesunięcia między klasycznym i bazalnym stanem komórek raka trzustki.

Wartość systemu tkwi w wyborze następnego eksperymentu

Biologii nie brakuje hipotez. Ograniczają ją koszt i czas ich sprawdzania. Quine ma więc większy sens jako filtr przed laboratorium niż jako maszyna wydająca ostateczne odpowiedzi.

System staje się użyteczny, gdy z tysięcy kandydatów tworzy krótszą i lepiej uzasadnioną kolejkę. Połączenie obliczeń z wynikami wet labu może również korygować kolejne przewidywania.

Jedna walidacja nie tworzy ogólnego modelu biologii

Microsoft mówi o wczesnym projekcie badawczym, nie o gotowym produkcie ani narzędziu klinicznym. Publiczny opis podaje zbyt mało szczegółów o danych, baseline, błędach i powtarzalności poza wskazanym projektem.

Określenie world model jest ambitne. Zmiana stanu komórki w laboratorium sama nie potwierdza skuteczności terapii, bezpieczeństwa ani przełożenia na pacjentów.

Ślepe testy i obce laboratoria wydadzą werdykt

Kolejny sygnał powinien przyjść z peer reviewed wyników, jawniejszej metodologii i testów prospektywnych, w których kandydatów wybiera się przed eksperymentem. Liczyć się będzie praca niezależnych zespołów oraz wyniki dla innych chorób i modalności. Jeśli Quine regularnie ograniczy liczbę chybionych prób, zyska mocniejszą definicję niż etykieta world model.

Werdykt Lilith

Quine musi zasłużyć na miejsce przy stole laboratoryjnym, gdzie źle wybrany kandydat spala czas i materiał. Piękna mapa biologii jest dodatkiem, jeśli nie skróci rzędu probówek zmierzających w ślepą uliczkę.